Substituir foi projetado para facilitar o seguinte caso:

1. Verifique se existe registro com o mesmo PK
2. Se sim, exclua a linha e insira uma nova linha para o registro com a linha fornecida
3. Se não, insira um novo registro

Conforme documentação REPLACE é equivalente a INSERT, além de deletar qualquer registro existente que tenha o PK sendo deletado antes.