Como outros já disseram, você deve realmente usar o PDO. Mas, para responder sua pergunta, mysql_num_rows é sua solução.
$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());
if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database
