Não, ele não pode usar um arquivo de texto de forma nativa, com conexão direta, pronto para uso. Ou seja, mysql como enviado. Para conseguir isso, você precisaria escrever UDFs especiais, o que seria absurdo, considerando a solução simples.
As informações para uso personalizado de Stop Words estão disponíveis neste manual do mysql página . Ele mostra as palavras padrão bastante limitadas fora dos portões na tabela
INFORMATION_SCHEMA.INNODB_FT_DEFAULT_STOPWORD
, como redefinir para sua própria tabela e o uso de várias variáveis do sistema.