Erro de sintaxe SQL com substring e charindex

Se você estiver usando o SQL Server, você tem um JOIN malformado . E aliases de tabela muito pobres. Talvez isso faça o que você quer:

update fs
    set user_id = u.id,
        message = SUBSTRING(fs.message, 1, CHARINDEX('[', fs.message)-1)
    from edi_file_steps fs INNER JOIN
         GU_User u
         on u.login = SUBSTRING(fs.message, CHARINDEX('[', fs.message)+1, len(fs.message)- CHARINDEX('[',fs.message)-1 )
    where message LIKE '%Downloaded%' ;

EDITAR:

No MySQL, isso seria:

update edi_file_steps fs INNER JOIN
       GU_User u
       on fs.message like concat('%[', u.login, ']%')
    set user_id = table_B.id,
        message = substring_index(fs.message, '[', 1)
    where message LIKE '%Downloaded%' ;