Meu mal, isso é tão simples! Wordpress usa dois espaços reservados %s e %d.
%s deve ser usado ao passar strings para o banco de dados
enquanto:
%d deve ser usado para números inteiros.
Meu problema acima é que eu os misturei, eu uso %d para strings ou %s para inteiros. Portanto, o problema é resolvido usando os espaços reservados corretos para seu tipo de dados específico. Problema resolvido.
Por exemplo, se você estiver consultando o banco de dados usando id com a variável php $id, o espaço reservado deve ser %d porque é inteiro, caso contrário, para strings, como nomes, etc., use %s.