Use lsof -i TCP:3306 ou netstat -lp | grep 3306 para descobrir o que já está escutando na porta 3306 - algo deve estar escutando nela.

Você pode considerar iniciar o servidor em uma porta diferente (edite my.cnf e altere a porta padrão lá).

Você pode precisar executar isso como root, ou seja, sudo lsof -i TCP:3306