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Como usar caixas de seleção para inserir true (1) ou false (0) no mySQL E mostrar como verificado no formulário php/html?


Você precisa dar às caixas de seleção um índice explícito no HTML:
$i = 0;
while($shift_query = $result_shift_query->fetch_assoc())
    {
    echo "<tr>";    
    echo "<td><input type=\"hidden\" name=\"Shift_ID[]\"></td>";
    echo "<td><input type=\"text\" name=\"Shift_Name[]\"></td>";
    echo "<td><input type=\"text\" name=\"Shift_Short_Name[]\"></td>";
    echo "<td><input type=\"text\" name=\"Shift_Color[]\"></td>";
    echo "<td><input type=\"checkbox\" name=\"Shift_Trig[$i]\"";
        if($shift_query['Shift_Trig'] == '1')
            {
            echo " checked=\"checked\"";
            }
    echo " value=\"1\"></td>";
    echo "<td><input type=\"checkbox\" name=\"deleteBox[$i]\"></td>";
    echo "</tr>";
    $i++;
    }

No código de atualização, no início do loop, faça:
    if (!isset($trig[$i])) { $trig[$i] = 0; }

O restante do código de atualização permanece inalterado.