Formate o código MySQL dentro da string PHP

A melhor maneira de fazer isso na minha opinião é usar Expressões Regulares ou SED/AWK para formatar tudo, isso nos dá o bônus de substituição de mapas na hora. A chance de você ter erros de código é alta, então é meio difícil.

deixe-me trabalhar um pouco e posso ver se consigo encontrar uma boa solução. É garantido que você está encapsulando todas as aspas duplas do SQL?

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Tente isso

cd {{directory}} && find . -type f -print0 |
  xargs -0 perl -i.bak -pe 's/select/SELECT/g ; s/from/\n\tFROM/g ; s/where/\n\t\tWHERE/g ; s/and/\n\t\tAND/g ; s/order by/\n\t\tORDER BY/g ; s/asc/ASC/g ; s/desc/DESC/g ;'

Aqui está um exemplo

$ printf '"select * from whatever where this = that and active = 1 order by something asc";\n' |
> perl -pe 's/select/SELECT/g ; s/from/\n\tFROM/g ; s/where/\n\t\tWHERE/g ; s/and/\n\t\tAND/g ; s/order by/\n\t\tORDER BY/g ; s/asc/ASC/g ; s/desc/DESC/g ;'

"SELECT * 
    FROM whatever 
        WHERE this = that 
        AND active = 1 
        ORDER BY something ASC";

É bonito? não, de jeito nenhum, funciona... Sim.

Vou tentar criar um arquivo de filtro e talvez um pequeno programa bash ou algo assim enquanto tiver tempo para executar essa bagunça quente.

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Aqui está um código revisado, parece mais bonito (mais ou menos)

printf '$request1 = "select * from whatever where this = that and active = 1 order by something asc";\n' | 
perl -pe 's/select/SELECT/gi ; s/from/\n  FROM/gi ; s/where/\n    WHERE/gi ; s/and/\n    AND/gi ; s/order by/\n      ORDER BY/gi ; s/asc/ASC/gi ; s/desc/DESC/gi ;' | 
awk 'NR == 1 {pad = length($0)/2; print} NR > 1 {gsub(/\r/,""); printf "%*s%s\n", pad, " ", $0}'

__OUTPUTS__
$request1 = "SELECT * 
             FROM whatever 
               WHERE this = that 
               AND active = 1 
                 ORDER BY something ASC";