A consulta deve ser como abaixo, você juntou a mesma tabela e daí o problema do alias único. Eu adicionei alias de tabela para melhor legibilidade.
UPDATE
sales_flat_order sfo
INNER JOIN sales_flat_order_grid sfog
ON sfog.entity_id = sfo.entity_id
SET sfo.coupon_code = "newcoupon"
WHERE sfog.increment_id = "12345678" ;