Especificar o ORDER BY em uma tabela é apenas uma ajuda para que o mecanismo acelere as consultas com a mesma ordem. Não forçará o mysql a sempre retornar o resultado com a mesma ordenação.

Descrito aqui:http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/en/alter-table.html

"ORDER BY permite que você crie a nova tabela com as linhas em uma ordem específica. Observe que a tabela não permanece nessa ordem após inserções e exclusões. Essa opção é útil principalmente quando você sabe que deve consultar principalmente as linhas em uma certa ordem na maioria das vezes. Ao usar esta opção após grandes alterações na tabela, você poderá obter um desempenho mais alto. Em alguns casos, pode tornar a classificação mais fácil para o MySQL se a tabela estiver em ordem pela coluna que você quero encomendar até mais tarde."

Então você deve usar a expressão ORDER BY em suas consultas também.