O Xampp terá instalado um servidor mysql que está escutando na porta 3308 (isso é usado com o phpadmin).
Ao instalar o mysql com o brew, ele instalará outro servidor mysql na porta padrão do mysql 3306. Ao usar a linha de comando
mysql -u root
sem mencionar um número de porta, ele tentará automaticamente se conectar ao servidor mysql ouvindo na porta 3306. => Você tem dois resultados diferentes de bancos de dados que são mostrados