Tudo bem, aqui está minha implementação sobre esse problema, será um pouco mais simples fornecer apenas o básico e permitir que você edite seu próprio código de acordo.
Em primeiro lugar, todo o meu conteúdo modal é um div com um id,
<div id="modalcontent"> </div> Então, suponha que este botão deve abrir e preencher meu modal com dados
<a href="#" onclick="openModal()">Open</a>
openModal() será algo assim
$.post("alerts.php", {
id: ID
}, function(data) {//data will contain whatever alerts.php prints
document.getElementById("modalcontent").innerHTML = data;//insert data into modal
$('#my-modal').modal('toggle');//open modal
});
Novamente, há muitas maneiras de fazer isso. Existem maneiras melhores de fazer isso. Mas você deve entender como algo assim funciona, você só pode obter a saída do arquivo PHP em javascript e editar seu conteúdo com javascript. Você pode obter seus dados de outro script PHP, que será executado por javascript sempre que precisar, mas o próprio script PHP não pode modificar o conteúdo da sua página já carregada.
Usando este código e assumindo alerts.php irá
echo "you have a notification"; , <div id="modalcontent"> </div> mudará para <div id="modalcontent">you have a notification</div> e então o modal será alternado. Este método também garante que o modal seja aberto apenas depois os dados são buscados, então é impossível para o modal abrir sem os dados dentro. 
