A maneira mais fácil de fazer isso é provavelmente desabilitar as verificações de chave estrangeira e truncar as tabelas. Como as chaves estrangeiras estão desabilitadas, a ordem na qual você trunca as tabelas não importa.
set foreign_key_checks = 0;
truncate table parent;
truncate table child;
truncate table ...
Você pode até usar o information_schema para gerar as instruções da tabela truncate para você. Algo assim:
select concat('truncate table ',table_schema,'.',table_name,';') as sql_stmt
from information_schema.tables
where table_schema = 'your_schema_name'
and table_type = 'base table';
