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Tabela de atualização de PDO usando array


Que tal você preparar a instrução fora do loop, depois vincular os valores dentro do loop e executar. 
<?php


if(isset($_POST['submit'])){
    $name = $_POST['name'];
    $roll = $_POST['roll'];


     $sql = "UPDATE student SET name=:name WHERE roll=:roll";
     $query = $con->prepare($sql);

    foreach($roll as $key => $n){
        $query->bindParam(':roll', $n[$key]);
        $query->bindParam(':name', $name[$key]);
        $query->execute();
    }
}