Estou vendo duas soluções possíveis para o seu problema:
Ignore o ENTRYPOINT para a imagem do MySQL
Encontre o nome da sua imagem executando
docker images então corra:docker run -it --entrypoint="/bin/sh" OPTIONS image
Isso deve levá-lo ao bash dentro do contêiner e de lá você pode executar todos os comandos que deseja encontrar seu
my.cnf Arquivo. Embora eu não saiba se editar o arquivo a partir daí, salve-o e tente executá-lo novamente funcionará. Eu não tentei. Exclua a imagem antiga e use a maneira correta de editar o
my.cnf arquivo Encontre o nome da sua imagem executando:
docker images e exclua-o executando docker rmi <image_name> Verifique os documentos das imagens padrão do MySQL em MySQL Dockerhub é bastante direto sobre isso e cito:
A partir desse ponto e se você criar o
my.cnf arquivo em seu host, você nunca mais terá esse problema, pois poderá editar o arquivo quantas vezes quiser. 
