Certifique-se de que o diretório de dados tenha permissões completas definidas para os usuários "Serviço de Rede" e Administrador e que você tenha aspas em torno do nome do diretório, se houver espaços nele. Certifique-se de que basedir está definido/não comentado.
Eu testei essas coisas alterando o diretório de dados, o que causou exatamente o erro que você descreveu acima, e corrigi as permissões do diretório de dados recém-criado para eliminar o erro. Eu posso alternar para frente e para trás agora, alterando qual diretório de dados eu comento. (apenas como um teste, caso contrário, isso é meio maluco).
C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.7\my.ini Deve ser algo assim, usando o servidor Windows 2012 R2 para testar:
# Path to installation directory. All paths are usually resolved relative to
this.
basedir="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.7/"
# Path to the database root
# datadir="C:/ProgramData/MySQL/MySQL Server 5.7/Data"
datadir="d:/ProgramData/Data"
