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Doctrine não persiste entidade com valores booleanos e PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES =false no Mysql


resposta do gseric funcionará, mas com o efeito de hidratar suas entidades com números inteiros. Para ainda obter booleanos em suas entidades, você pode simplesmente estender o BooleanType do Doctrine :
class BooleanToIntType extends \Doctrine\DBAL\Types\BooleanType
{
    public function getBindingType()
    {
        return \PDO::PARAM_INT;
    }
}

Então, no bootstrap do seu aplicativo:
\Doctrine\DBAL\Types\Type::overrideType('boolean', BooleanToIntType::class);