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Como salvar arquivos PDF gerados no banco de dados MySQL usando Java?

  1. O tipo de dados que você pode usar é BLOB .

  2. Converta o arquivo PDF e persista o byte[] matriz no banco de dados. 
    private byte[] getByteArrayFromFile(final Document handledDocument) throws IOException {
    final ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream();
    final InputStream in = new FileInputStream(handledDocument);
    final byte[] buffer = new byte[500];

    int read = -1;
    while ((read = in.read(buffer)) > 0) {
        baos.write(buffer, 0, read);
    }
    in.close();

    return baos.toByteArray();
}

  3. Para inseri-lo no banco de dados Se você estiver usando alguma ferramenta ORM, basta mapear a coluna como blob e a ferramenta cuidará disso para você. Caso você não esteja usando, você pode criar uma declaração preparada. A instrução tem um método chamado setBlob() que será útil. Considere o exemplo abaixo e crie uma consulta de inserção normal com a coluna blob. 
    String sql = "INSERT INTO testtable(stringcolumn, blobcolumn) VALUES(?,?)";

PreparedStatement statement = conn.getConnection().prepareStatement(sql);
statement.setLong(1, version);
ByteArrayInputStream bais = new ByteArrayInputStream(getByteArrayFromFile(document));
statement.setBlob(2, bais);          
statement.execute();

conn.commit();