Existe uma maneira diferente de implementar este programa sem usar o loop while aninhado?

Como todos os dados usados no INSERT instrução vem de suas instruções 'SELECT', não faz sentido fazer a viagem de ida e volta extra entre seu aplicativo java e o banco de dados. Executar tudo em uma instrução SQL lhe dará o melhor desempenho.

Sua instrução SQL deve ser assim

INSERT INTO snomedinfo_data (refid,id,effectivetime,active,moduleid,conceptid,languagecode,typeid,term,caseSignificanceid)
SELECT d.refid, d.id, d.effectivetime, d.active, d.moduleid, d.conceptid, d.languagecode, d.typeid, d.term, d.caseSignificanceid
FROM snomed_descriptiondata d
JOIN snomed_conceptdata c ON c.id = d.conceptid AND c.active = 1 AND d.active = 1

E seu código java pode ser resumido a isso

try {
    oRoot = Root.createDbConnection(null);
    String sql = "INSERT INTO snomedinfo_data...";
    oPrStmt = oRoot.con.prepareStatement(sql);
    oPrStmt.executeUpdate();
}