(Atualizado para 2017)
Quando você instalou o MySQL, ele gerou uma senha para o usuário root. Você pode se conectar usando
/usr/local/mysql/bin/mysql -u root -p
e digite a senha gerada.
Anteriormente, a
root
usuário no MySQL costumava não ter uma senha e só podia se conectar do localhost. Então você se conectaria usando /usr/local/mysql/bin/mysql -u root