Você não pode combiná-los em um comando, mas pode executar os dois comandos ao mesmo tempo e gerar o mesmo arquivo.
mysqldump -u user -p --no-data db > structure.sql; mysqldump -u user -p db table1 table2 >> structure.sql
para evitar ter que digitar a senha duas vezes você pode fazer
-ppassword (note a falta de espaço!). Use também --no-data no primeiro comando ou você acaba com os dados também. -d não é necessário quando você está fazendo apenas um banco de dados. 
