A solução no final foi simples.
Exportar do MySQL 5.5. (arquivo de exportação é 114 GB)
Desinstale o MySQL 5.5 (remova todos os arquivos de dados)
Instale o MySQL 5.6
Importar dados
Exportar do MySQL 5.6 (o arquivo de exportação agora tem 13 GB)
Desinstale o MySQL 5.6 (remova todos os arquivos de dados)
Instale o MySQL 5.6
Importar dados