A solução no final foi simples.

Exportar do MySQL 5.5. (arquivo de exportação é 114 GB)

Desinstale o MySQL 5.5 (remova todos os arquivos de dados)

Instale o MySQL 5.6

Importar dados

Exportar do MySQL 5.6 (o arquivo de exportação agora tem 13 GB)

Desinstale o MySQL 5.6 (remova todos os arquivos de dados)

Instale o MySQL 5.6

Importar dados