Faça estes passos:

1. Vá para Editar -> Preferências.
2. Clique na guia Editor SQL.
3. Em Editor de consultas, desmarque Limitar linhas.

Editar

Workbench Versão 6.12 (Mac OS(10.11.3))

1. Vá para Editar -> Preferências.
2. Clique na guia Editor SQL.
3. Em Execução SQL, desmarque Limitar linhas.