Você provavelmente usaria um
IN
cláusula em seu DELETE
:DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (2, 3, 4, 5, ...)
Isso pode ser implementado com o
String.Join
método para gerar a lista:var query = "DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (" +
String.Join(",", myArray) + ")";