Mysql
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Excluir linhas do servidor mysql de uma lista de C # do ID


Você provavelmente usaria um IN cláusula em seu DELETE :
DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (2, 3, 4, 5, ...)

Isso pode ser implementado com o String.Join método para gerar a lista:
var query = "DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (" +
    String.Join(",", myArray) + ")";