O truque de envolvê-lo em uma tabela derivada funciona para este caso? (Baseado em http://www.xaprb.com/blog/2006/06/23/how-to-select-from-an-update-target-in-mysql/ )
DELETE FROM employee WHERE (empid, empssn) NOT IN
(
SELECT empid, empssn FROM
(
SELECT MIN(empid) AS empid, empssn FROM employee GROUP BY empssn
) X
);
Editar Sim, parece funcionar neste fim.
