Isso pode estar esticando sua memória, mas pode

foram 8+ horas? Nesse caso, é provável que seja a inatividade do MySQL tempo limite , que desconecta após 28.800 segundos. Encontrei esse problema recentemente e encontrei algumas perguntas SO sobre isso - esta resposta continha as melhores pepitas simples para resolver o problema. Em resumo, sugeriria adicionar uma validationQuery de SELECT 1 e definindo testOnBorrow = true nas propriedades do conjunto de conexões DBCP.