Use Carregar arquivo de dados .

Aqui está um bom artigo sobre desempenho e estratégias intitulado Testando a maneira mais rápida de importar uma tabela para o MySQL . Não deixe a versão mysql do título ou dentro do artigo te assustar. Pulando para o fundo e pegando algumas conclusões:

Você pode apenas encontrar seus tempos muito reduzidos.