Para obter o último registro de cada cliente da tabela de associação com base no id mais alto, você pode fazer uma associação automática à associação ajustando a parte de associação como
$this->db->select('c.*,m.*');
$this->db->from('customer as c');
$this->db->join('membership as m', 'c.id = m.customer_id', 'left');
$this->db->join('membership as m1', 'm.customer_id = m1.customer_id AND m.id < m1.id', 'left');
$this->db->where('m1.id IS NULL', null, false)
$query = $this->db->get();
Um SQL simples seria algo como
SELECT c.*,m.*
FROM customer AS c
LEFT JOIN membership AS m ON c.id = m.customer_id
LEFT JOIN membership AS m1 ON m.customer_id = m1.customer_id
AND m.id < m1.id
WHERE m1.id IS NULL
