1. Porque o mysql foi projetado desta forma. Ele interpreta o código e o transforma em forma canônica para executá-lo em qualquer configuração do modo sql e, nesse processo, todas as indenizações são perdidas. Eu nem esperaria que um rdbms armazenasse o comando de uma maneira bem formatada. Esse não é o objetivo.
2. Armazene as visualizações, procedimentos armazenados, tabelas, etc., código bem recuado em seu sistema de controle de versão, onde eles pertencem.