Consulte a primeira consulta como uma subconsulta na segunda:
$query = "SELECT * from CatalogueItems WHERE itemID IN ";
$query .= "(" . $querystring . ")";
Isso é preferível à sua abordagem atual, porque só precisamos fazer uma única viagem ao banco de dados.
Observe que, idealmente, você deve usar declarações preparadas aqui. Portanto, sua primeira consulta pode se parecer com:
$stmt = $conn->prepare("SELECT itemID from mycart where email = ?");
$stmt->bind_param("s", $email);
