Sim, absolutamente, há muitas coisas, você deve testar seu aplicativo de forma extremamente completa:

• As transações podem travar e precisam ser repetidas. Este é o caso (em algumas circunstâncias) mesmo com uma transação autocommitida que insere apenas uma linha.
• O uso do disco certamente aumentará
• A carga de E/S durante as gravações quase certamente aumentará
• O comportamento da indexação mudará porque o InnoDB usa índices clusterizados - isso pode ser um efeito benéfico em alguns casos
• Sua estratégia de backup será afetada. Considere isso com cuidado.

O processo de migração em si precisará ser cuidadosamente planejado, pois levará muito tempo se você tiver muitos dados (durante o qual os dados serão somente leitura ou completamente indisponíveis - verifique!)