O modelo que você descreve (todas as tags em uma única célula, separadas por espaços) não é normalizado, então você não pode esperar encontrar uma maneira simples, eficiente e confiável de fazer coisas com ele a partir do servidor de banco de dados (além de ler a coluna). Do jeito que está agora, o PHP é sua única chance de fazer a limpeza que você está planejando fazer, e você terá que recuperar todas as linhas.

É tarde demais para fazer uma pequena mudança no design do banco de dados? Se você armazenar cada tag em uma linha separada em uma tag table você seria capaz de fazer muitas coisas a partir de SQL simples.