Isso é simples:
para DATETIME:
UPDATE table_name
SET date_col=DATE_FORMAT(date_col,'2013-%m-%d %T');
para DATA:
UPDATE table_name
SET date_col=DATE_FORMAT(date_col,'2013-%m-%d');
UPDATE table_name
SET date_col=DATE_FORMAT(date_col,'2013-%m-%d %T');
UPDATE table_name
SET date_col=DATE_FORMAT(date_col,'2013-%m-%d');