Eu suponho que você queira fazer um túnel para um mysql remoto que escute apenas localhost (ou seja protegido por firewall)

A maneira mais fácil é então

1. 
   configure uma relação de confiança entre a conta que executa o servidor de aplicativos, fornecendo o serviço JPA para seu aplicativo
   
2. 
   crie o túnel usando ssh -L 3306:localhost:3306 mysql.server.org para criar um túnel que conectará a porta 3306 no host do appservers à porta 3306 na porta localhost do servidor mysql.
   
3. 
   Configure o JPA para se conectar a localhost:3306