Começamos a ter o mesmo problema de "Link de comunicação" quando atualizamos a hibernação para 4.3.x usando JPA e C3P0 para pool de conexões.
Parece que isso seria um problema de pool de conexões, pois as conexões estavam sendo mantidas por mais tempo que o banco de dados
wait_timeout (que era o padrão de 8 horas), apesar das minhas configurações de C3P0. No entanto, corrigi o problema alterando a configuração de hibernação em nosso persistence.xml com:<property name="hibernate.connection.release_mode" value="after_transaction" />
Parece que o comportamento padrão na hibernação mudou para não liberar a conexão após as transações, portanto, você deve definir explicitamente esse modo se estiver usando o pool.
