O erro é explicado muito claramente na mensagem de aviso, está ignorando seu
my.cnf . Tente executar o seguinte e, em seguida, reinicie o servidor
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Isto irá definir o proprietário do arquivo para mysql e as permissões 600 dará apenas ao usuário mysql acesso para ler e gravar no arquivo, ele não permitirá o acesso a todos os outros usuários.
