Seja qual for a sua escolha, esteja ciente de que o código curto nem sempre é o código ideal. Em muitos casos, onde você tem lógica suficientemente divergente, unir os resultados é realmente a opção mais ideal (e às vezes mais limpa, programaticamente).
Dito isto, o seguinte OR na cláusula WHERE parece cobrir os dois casos ...
SELECT DISTINCT
shops.*,
DA.delivery_cost,
DA.postcode AS AreaPostcode
FROM
shops
INNER JOIN
shops_delivery_area as DA
ON (DA.shop_id = shops.id)
WHERE
(DA.postcode = "Liverpool")
OR
(DA.postcode = shops.postcode AND shops.location = "Liverpool")
