CakePHP consulta longitude de latitude mais próxima do banco de dados

não há mais campos virtuais no bolo 3, mas você ainda pode criar um alias para seu campo calculado

Conforme sugerido por @ndm, é melhor vincular $latitude e $longitude para evitar injeções de SQL

$distanceField = '(3959 * acos (cos ( radians(:latitude) )
    * cos( radians( Sightings.latitude ) )
    * cos( radians( Sightings.longitude )
    - radians(:longitude) )
    + sin ( radians(:latitude) )
    * sin( radians( Sightings.latitude ) )))';

usando onde

$sightings = $this->Sightings->find()
    ->select([
        'distance' => $distanceField
    ])
    ->where(["$distanceField < " => $distance])
    ->bind(':latitude', $latitude, 'float')
    ->bind(':longitude', $longitude, 'float')
    ->contain(['Photos', 'Tags']);

usando ter

$sightings = $this->Sightings->find()
    ->select([
        'distance' => $distanceField
    ])
    ->having(['distance < ' => $distance])
    ->bind(':latitude', $latitude, 'float')
    ->bind(':longitude', $longitude, 'float')
    ->contain(['Photos', 'Tags']);