Sim, pode ter efeito.

É claro que os dois índices ocupam espaço extra no disco e também na memória se forem usados.

Mas eles também fazem com que o otimizador de consulta faça mais trabalho para calcular o benefício de cada índice durante cada SELECT. Quanto mais índices você tiver, mais casos ele terá para comparar. Portanto, compensa eliminar índices verdadeiramente redundantes.

Como outros também notaram, os índices são atualizados durante as operações INSERT/UPDATE/DELETE, portanto, quanto mais índices você tiver, mais sobrecarga isso representa. Índices que são muito usados ​​justificam sua própria sobrecarga, mas índices duplicados levam mais sobrecarga sem nenhum benefício adicional para corresponder.

Se você estiver interessado, o Percona Toolkit tem uma ferramenta pt-duplicate-key-checker que pesquisa todas as suas tabelas para casos como este.