percentil por COUNT(DISTINCT) com WHERE correlacionado só funciona com uma visualização (ou sem DISTINCT)

Eu provavelmente diria que a consulta é lenta porque está acessando repetidamente a tabela quando o gatilho é acionado.

Não sou especialista em SQL, mas tentei montar uma consulta usando tabelas temporárias. Você pode ver se isso ajuda a acelerar a consulta. Eu usei nomes de colunas com sons diferentes, mas semelhantes no meu exemplo de código abaixo.

EDITAR: Houve um erro de cálculo no meu código anterior. Atualizado agora.

SELECT COUNT(id) INTO @no_of_attempts from tb2;

-- DROP TABLE IF EXISTS S1Percentiles;
-- DROP TABLE IF EXISTS S2Percentiles;
-- DROP TABLE IF EXISTS S3Percentiles;

CREATE TEMPORARY TABLE S1Percentiles (
    s1 FLOAT NOT NULL,
    percentile FLOAT NOT NULL DEFAULT 0.00
);

CREATE TEMPORARY TABLE S2Percentiles (
    s2 FLOAT NOT NULL,
    percentile FLOAT NOT NULL DEFAULT 0.00
);

CREATE TEMPORARY TABLE S3Percentiles (
    s3 FLOAT NOT NULL,
    percentile FLOAT NOT NULL DEFAULT 0.00
);



INSERT INTO S1Percentiles (s1, percentile)
    SELECT A.s1, ((COUNT(B.s1)/@no_of_attempts)*100)
    FROM (SELECT DISTINCT s1 from tb2) A
    INNER JOIN tb2 B
    ON B.s1 <= A.s1
    GROUP BY A.s1;

INSERT INTO S2Percentiles (s2, percentile)
    SELECT A.s2, ((COUNT(B.s2)/@no_of_attempts)*100)
    FROM (SELECT DISTINCT s2 from tb2) A
    INNER JOIN tb2 B
    ON B.s2 <= A.s2
    GROUP BY A.s2;

INSERT INTO S3Percentiles (s3, percentile)
    SELECT A.s3, ((COUNT(B.s3)/@no_of_attempts)*100)
    FROM (SELECT DISTINCT s3 from tb2) A
    INNER JOIN tb2 B
    ON B.s3 <= A.s3
    GROUP BY A.s3;

-- select * from S1Percentiles;
-- select * from S2Percentiles;
-- select * from S3Percentiles;

UPDATE tb1 A
    INNER JOIN
    (
    SELECT B.tb1_id AS id, (C.percentile + D.percentile + E.percentile) AS sum FROM tb2 B
        INNER JOIN S1Percentiles C
        ON B.s1 = C.s1
        INNER JOIN S2Percentiles D
        ON B.s2 = D.s2
        INNER JOIN S3Percentiles E
        ON B.s3 = E.s3
    ) F
    ON A.id = F.id

    SET A.sum = F.sum;

-- SELECT * FROM tb1;

DROP TABLE S1Percentiles;
DROP TABLE S2Percentiles;
DROP TABLE S3Percentiles;

O que isso faz é registrar o percentil para cada grupo de pontuação e, finalmente, apenas atualizar o tb1 coluna com os dados necessários em vez de recalcular o percentil para cada linha de aluno.

Você também deve indexar as colunas s1 , s2 e s3 para otimizar as consultas nessas colunas.

Nota:Atualize os nomes das colunas de acordo com seu esquema de banco de dados. Observe também que cada cálculo de percentil foi multiplicado por 100 pois acredito que o percentil é normalmente calculado dessa forma.