Então, pelo que posso dizer, o @rpath tenta resolver para /usr/lib, que não pode ser gravado. Resolvi isso rastreando este site . Muito disso está em chinês, mas o que recebi foi o comando sudo
install_name_tool -change @rpath/libmysqlclient.21.dylib /usr/local/mysql/lib/libmysqlclient.21.dylib /Users/[username]/.pyenv/versions/career/lib/python2.7/site-packages/_mysql.so