O aviso emitido pelo mysqltuner.py é realmente relevante mesmo que seu cache não tenha risco de ser trocado. Ele está bem explicado no seguinte:http://blogs.oracle.com/dlutz/entry/mysql_query_cache_sizing

Basicamente, o MySQL gasta mais tempo preparando o cache quanto maior for o cache e, como o cache é muito volátil mesmo sob cargas de gravação moderadas (as consultas são limpas com frequência), colocá-lo muito grande terá um efeito adverso no desempenho do aplicativo. Ajuste o query_cache_size e query_cache_limit para seu aplicativo, tente encontrar um ponto de interrupção onde você tenha mais hits por inserção, um número baixo de lowmem_prunes e fique de olho na carga de seus servidores de banco de dados enquanto faz isso também.