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Como obter valores separados por vírgula do banco de dados


$category_ids é um array de arrays (linhas), então você não pode simplesmente implodir. Você precisa buscar o primeiro valor de cada linha e implodir isso.

Solução PHP 5.5+:


Usando array_column() :
$category_ids = implode(', ', array_column($category_ids, 0));

echo $category_ids;

Saída:

Solução PHP 5.3+:


Substitua array_map() para array_column() :
$category_ids = implode(', ', array_map(function ($row) { return $row[0]; }, $category_ids));

echo $category_ids;

Saída: