Isso acontece porque os e-mails normalmente são Quoted-printable codificado. O
= é uma quebra de linha suave e =20 é um espaço em branco. Acho que você poderia usar quoted_printable_decode()
na mensagem para que ela seja exibida corretamente. Sobre os emails em branco, não sei, precisaria de mais detalhes. Basicamente :
//get message body
$message = quoted_printable_decode(imap_fetchbody($inbox,$email_number,1.1));
