Como proteger o arquivo de configuração do banco de dados no projeto?

Você pode tentar colocar as credenciais do banco de dados em um arquivo separado com o conjunto de permissões UNIX adequado, por exemplo, 644, e incluir esse arquivo no topo do script.

O configuration.php arquivo ficará assim:

<?php
define (DB_USER, "mysql_user");
define (DB_PASSWORD, "mysql_password");
define (DB_DATABASE, "database_name");
define (DB_HOST, "localhost");
?>

Seu script original será mais ou menos assim:

require ("configuration.php");
public class DatabaseConnect
{
function __construct()
{
    mysql_connect(DB_HOST,DB_USER,DB_PASSWORD) or die('Could not connect to MySQL server.');
    mysql_select_db(DB_DATABASE);
}

}