Você pode dar uma olhada em LOAD DATA INFILE em MySQL.
Você pode fazer as manipulações assim que os dados forem carregados no MySQL, em vez de primeiro lê-los no PHP. Primeiro, armazene os dados brutos em uma tabela temporária usando LOAD DATA INFILE e, em seguida, transforme os dados na tabela de destino usando uma instrução como a seguinte:
INSERT INTO targettable (x, y, z)
SELECT foo(x), bar(y), z
FROM temptable
