O motivo "mostrar tabelas;" funciona porque o mysqld varrerá o diretório do banco de dados somente para arquivos .frm. Enquanto eles existirem, ele verá uma definição de tabela.
Se você importou os dados para o MySQL e essa mensagem de erro acontece, a primeira coisa que eu faria imediatamente é executar este comando:(BTW Este é o MySQL 5.1.45, mas funciona no MySQL 5.x de qualquer maneira)
mysql> show engines;
+------------+---------+----------------------------------------------------------------+--------------+------+------------+
| Engine | Support | Comment | Transactions | XA | Savepoints |
+------------+---------+----------------------------------------------------------------+--------------+------+------------+
| InnoDB | YES | Supports transactions, row-level locking, and foreign keys | YES | YES | YES |
| MRG_MYISAM | YES | Collection of identical MyISAM tables | NO | NO | NO |
| BLACKHOLE | YES | /dev/null storage engine (anything you write to it disappears) | NO | NO | NO |
| CSV | YES | CSV storage engine | NO | NO | NO |
| MEMORY | YES | Hash based, stored in memory, useful for temporary tables | NO | NO | NO |
| FEDERATED | NO | Federated MySQL storage engine | NULL | NULL | NULL |
| ARCHIVE | YES | Archive storage engine | NO | NO | NO |
| MyISAM | DEFAULT | Default engine as of MySQL 3.23 with great performance | NO | NO | NO |
+------------+---------+----------------------------------------------------------------+--------------+------+------------+
8 rows in set (0.00 sec)
Se o servidor para o qual você importou os dados disser que o InnoDB está desabilitado, você tem um grande problema. Aqui está o que você deveria fazer:
1) Solte todos os dados do novo servidor de banco de dados de importação
2) Configuração do InnoDB de limpeza
3) executar MOTORES DE MOSTRA; e certifique-se de que o InnoDB esteja totalmente operacional !!!
4) Recarregue o mysqldump no novo servidor de importação
De uma chance !!!