Você não evita duplicações e a maçã (ou uma referência à maçã) será colocada duas vezes em sua árvore, caso contrário não será uma árvore, mas sim um gráfico. Sua pergunta é igualmente aplicável se você construir um... Swing JTree ou uma árvore HTML;).

O modelo de conjunto aninhado é apenas uma maneira eficiente de enviar e percorrer uma estrutura de árvore em um banco de dados relacional. Não é uma estrutura de dados em si. É mais popular entre os usuários do MySQL, pois o MySQL não possui funcionalidade para processar estruturas de árvore (por exemplo, como a que a Oracle fornece).

Saúde!