Que tal algo como uma consulta simples usando uma variável:
set @ROW = 0;
UPDATE `tbl_example` SET `id` = @ROW := @ROW+1 ORDER BY `fld_date` ASC;
Isso ordenará suas linhas como:0,1,2,4,5...etc por sua data.
set @ROW = 0;
UPDATE `tbl_example` SET `id` = @ROW := @ROW+1 ORDER BY `fld_date` ASC;
