Eu tive o mesmo problema quando atualizei o servidor mysql de 5.5 para 5.7 no Debian 8 (jessie). Em casos raros, provavelmente acontece se você atualizar diretamente ignorando as sequências de versões. (Muitas pessoas fazem isso, mas essas atualizações não são oficialmente suportadas). No meu caso, funcionou bem quando executei o comando abaixo:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Eu espero que isso te ajude
